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但此後朝鮮與后金的關係並不融洽，兩國外交摩擦集中於幾下幾個方面：

清崇德元年（大明崇禎八年、西曆1636年）六月十七日，李倧向清朝發出「檄書」，強調「敗盟」責任在清方，兩國關係瀕臨破裂。

最終，腦袋清醒的李倧還是頂住朝中斥和派的壓力，又派朴蘭英出使清朝，但在朴蘭英北上途中，丙子之役就爆發了——崇禎九年十月，破關攻入明境北直隸的清軍滿載著劫掠來的百姓和財物回到了瀋陽，鑒於此次征明期間，並未與明軍主力發生大規模的戰鬥，清軍上下近乎沒有什麼損失，所以在安排部隊稍事休整后，皇太極于當年十一月十九日召集眾臣于篤恭殿上集會，期間皇太極正式宣布將親征朝鮮，以懲罰朝鮮「敗盟逆命」之罪……

開市問題：朝鮮自崇禎元年（天聰二年、西曆1628年）同后金開市于義州，但在時間、價格、場所上多有爭端，如原約為春秋開和*圖*書市，然而後金後來又要求夏季也開市，兩國為此一直僵持；價格方面兩國也按各自有利價格而爭論；場所上，后金要求咸鏡道會寧也開市，朝鮮堅持拖延不開。

當然，最要害的問題在於朝鮮在明金之間的曖昧關係，即朝鮮一面稱臣明朝（事大）——朝鮮在丁卯之役后並未斷絕同明朝的宗藩關係，仍舊遵奉明朝正朔，年年遣使渡海朝貢北京，明朝亦不時派遣敕使來朝鮮；此外，丁卯之役后第二年，后金層要求朝鮮提供船隻以討伐東江鎮，李倧拖了三天才見后金使臣，然後對他們嚴正表示：「明國猶吾父也，撫我二百余年，今征我父之國，豈可相助以船？船殆不可借也！」——又一面與明的敵國后金修好（交鄰），這就讓后金方面有些忍無可忍了。

犯越問題：丁卯之役后，朝鮮邊民屢屢越境采參，后金亦侵入朝鮮境內屠殺漢人難民，兩國互相指責對方「犯越」m.hetubook.com.com，即非法入境。

逃人問題：丁卯之役結束當年十二月，阿巴海就指責朝鮮不遣返后金逃到朝鮮的人員，朝鮮答以逃人所剩無幾；崇禎四年（天聰五年、西曆1631年）、崇禎六年（天聰七年、西曆1633年），阿巴海又兩度就逃人問題向朝鮮施壓，朝鮮才遣返了部分后金逃人。

最終，朝王李倧還是在「主和」派的影響下，決定維持與清朝「兄弟之國」的狀態，所以他派出使者試圖向清廷闡明朝鮮的態度，緩和雙邊關係。

消息傳回朝鮮后，朝王李倧痛苦地對臣下說道：「欲為守御之備，則形勢如此；欲為羈縻之策，則名士輩皆曰不可。賊來而已，將如之何？」

沒錯，原本，朝鮮在丁卯年被后金按在地上摩擦后，就對被迫成為後金的「弟弟國」敢到十分委屈了，現在還要進一步矮化為對方的臣屬，以「文明」屈事「野蠻」，自然是當時懷著「大明第m.hetｕｂooｋ.cｏｍ.cｏｍ一」、「老子第二」想法的「正經」朝鮮人所不願意的。

可沒成想，已經通過密探了解到朝鮮中樞動向的皇太極，拒絕接受朝使朴仁范等人所攜國書，並對朝鮮下達了最後通牒，要求朝鮮于當年十一月二十五日前送王子、大臣來「更定和議」，否則清軍將「大舉東搶」。

在驅除羅德憲、李廓兩名使節的同時，皇太極還給他們一封國書，內中以「大清皇帝」身份稱呼朝鮮為「爾國」，並要求朝鮮國王立即送子弟為人質。

待羅、李兩人在朝鮮朝堂上將這份國書的內容宣示于眾后——其實，羅、李在回到朝鮮前就丟棄皇太極的國書，現在宣讀的只是他們謄抄默記的內容，不排除有添油加醋的可能——朝鮮再次舉國嘩然。

按說這個時候，朝鮮應該加強戒備，防禦清軍可能的進攻，但問題是，朝鮮國內的黨爭可比大明厲害的的，因此哪怕是國家已經面臨了被他國入侵的威脅了，和圖書朝鮮內部依舊有人「主和」、有人「斥和」，彼此無法形成合力。

只是，當時后金的全部力量為明朝和蒙古察哈爾部林丹汗所牽制，所以一時間也奈何表面尚且恭敬的朝鮮不得。

然而不管朝鮮內部輿論如何喧囂，但后金的實力遠強於朝鮮，所以，朝鮮還是委委屈屈的派人參加了皇太極稱帝的儀式；不過，朝鮮使者羅德憲、李廓明確拒絕在典禮上行跪拜之禮——言外之意就是不承認皇太極的皇帝身份，也不承認朝鮮是清朝的藩屬——這下可就激怒了皇太極，因此他下令將兩個使者驅逐出境。

俘虜問題：儘管后金釋放了丁卯之役中大部分朝鮮被擄人口，但仍有上萬人被后金扣作人質，要求朝鮮或以後金逃人交換、或以米糧贖回，朝鮮被迫選擇後者。

明天啟七年（后金天聰元年、西曆1627年），歲在丁卯，當時，后金派遣阿敏率部征伐朝鮮，迫使朝鮮與后金結成「兄弟之國」，並開放義州中江與和_圖_書后金互市，日後每年向後金輸送「歲幣」。

崇禎八年（后金天聰九年、西曆1635年），獲得了林丹汗之子額哲奉上的大元國璽的阿巴海意圖稱帝，便派人抵達朝鮮，要求朝鮮國王向皇太極勸進，結果引發朝鮮國內輿論的嘩然——在中國歷史上，稱帝從來不是一件簡單的事情，象徵著正統、正朔以及四方小國的臣服——成均館儒生金壽弘率138人聯名上疏，請求「斬虜使、焚虜書」。

歲幣問題：阿巴海嫌棄朝鮮的禮物偷工減料，崇禎四年（天聰五年、西曆1631年）朝鮮在春秋兩次納歲幣時，皇太極都乾脆拒絕接受；翌年，皇太極派人通知增加「歲幣」種類和數額，李倧僅同意其新定數額的十分之一，以金銀、牛角、倭劍等不是朝鮮的特產為由拒絕獻出，其後兩國互相指責背棄盟約，引發關係緊張。

這番話，表達了李倧既無力防備清軍入侵、又面臨斥和派（所謂「名士輩」）輿論壓力的進退兩難之境。