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五月初二，也就是朱由崧登基稱帝以及多爾袞進入北京的當日，清軍前鋒在保定附近追上了順軍，雙方大戰一場，順軍再次戰敗，不得已，繼續向南逃亡。

因此，一時間，大順政權在直隸、山東、河南等地的統治已經處在了土崩瓦解的狀態下。

王鐸回報道：「禮部為先帝擬了懷宗、思宗、毅宗、威宗等四個廟號，欽天守道敏毅敦儉弘文襄武體仁致孝庄烈愍皇帝、紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝兩個謚號；為福忠王擬了恭宗、共宗等兩個廟號，貞純肅哲聖敬仁毅恭皇帝、貞純肅哲聖敬仁懿孝皇帝兩個謚號，陵號熙陵；姚老娘娘尊號則也有兩個，一為孝誠恭皇后、一為孝誠懿皇后；至於鄒娘娘，臣等上尊號恪貞仁壽皇后。」

雖然接下來清軍為了穩固京畿周邊形勢，並未立刻南下西進，但此時，大順制將軍白邦政、巡漕戶政府從事方允昌對陳州、歸德等地的進攻，被許定國ｍ.ｈeｔubｏｏｋ•com•cｏm、劉洪起等明軍將帥所粉碎；大順德州權防禦使閻傑和德州牧吳徵文等被諸生、明大學士謝升之弟謝陛所率領的地方民團殺死；大順滄州守將被原明尚寶司卿程正揆率部推翻；原明職方司主事凌駉于臨清起事，俘虜了大順防禦使王皇極；原明宣化鎮總兵姜瓖殺死了大順大同守將張天琳。

王鐸頓了頓：「以上還請陛下審定。」

朱由崧把王鐸報的尊號、廟號、謚號都寫了下來，然後仔細的品砸了一番，這才說道：「先帝的廟號就定毅宗吧，謚號定紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝，毅宗烈皇帝……」

朱由崧審定名單后，正式任命馬士英為兵部尚書、張慎言為吏部尚書、王鐸為禮部尚書、高弘圖為戶部尚書、周堪賡任刑部尚書、王應熊為工部尚書、顧錫疇為左都御史、吳甡為右都御史、解學龍為刑部左侍郎、呂大器為兵和_圖_書部右侍郎、黃配玄為工部左侍郎、練國事為戶部右侍郎、畢懋康為禮部左侍郎、姜曰廣為工部右侍郎、李清為工科都給事中、章正宸為禮科都給事中、黃道周為光祿寺卿……

五月初七，關於內閣人選，南京朝堂上發生了第一次激烈衝突。

順軍離開北京后，李自成以左光先、谷大成兩部率二萬騎兵斷後，又使出當年對付明軍的那套丟棄輜重的戰術來減緩敵軍的阻擊速度，從而暫時擺脫了後方的追兵，得以一路安全西行。

六部侍郎以下的確還沒有填滿，這主要是因為東林黨主張對復起某些正人君子，拿這些職務虛席以待，對此，朱由崧也是認可了，那麼接下來就是弘光朝的第一大事，組建內閣了。

當年五月初一，李自成率部退到涿州，但城內原明軍官紳馮銓已經得知順軍在山海關戰敗的消息，因此率城內軍民堅決拒絕李自成部入城；順軍當然發起了進攻，但由於擔心後m•ｈｅｔuｂooｋ.coｍ•ｃoｍ方追兵，所以，初戰未能得手，便放棄了繼續進攻，然後向保定逃去。

收到這番廷推名單后，朱由崧問王鐸道：「先帝廟號、謚號定了嗎？福忠王的廟號、謚號定了嗎？先毗的尊號定了嗎？」

順軍開始收縮力量，以應對比起明軍來更可怕的清軍了，但南明這邊卻一時沒有抓住反擊的機會：

五月三日，順軍後衛與清軍前鋒在定州北清水河岸展開交戰，此戰中谷大成犧牲、左光先負傷，但總算迫使清軍停下了追擊腳步，李自成部這才得以安全的退往山西。

按下前線將帥不肯用命不說，當年五月初四，也就是朱由崧稱帝后的第三天，經過反覆的磋商后，東林黨暫時占多數的南京官員們向朱由崧呈報了弘光朝第一份六部尚書、侍郎、都察院左右都御史的人選名單。

東線這邊，史可法於五月初五才離京北上，行動遲緩的他於五月十五日才抵達徐州，然後，史可法在徐州以召集睢州許定國、和圖書陳州劉洪起、鹿邑劉洪禮、太康周道玄、單縣徐良臣等部會攻濟寧、復奪兗州的名義整整滯留了十天，這才在朱由崧派出的內監的催促下，率部北上奪取了順軍董學禮、傅龍兩部一早放棄的濟寧和兗州；但在奪取濟寧和兗州之後，史可法除了飛檄山東、南直隸外，就再也不肯前進一步了。

劉孔昭自我推薦的舉動讓部分朝臣產生了某種不安，所以便在兩害取其輕者的想法下，把馬士英納入了廷推上報名單。

當時，東林黨推舉高弘圖、王鐸、王應熊為內閣大學士，把馬士英排除在外，馬士英當然十分不滿，立刻衝著自詡同為帝黨的誠意伯劉孔昭使了眼色，劉孔昭便自己推薦自己進入內閣，群臣以「勛臣不入閣」的祖制加以反對，劉孔昭便轉而推薦馬士英入閣。

明崇禎十七年、清順治元年、順永昌元年、西曆1644年四月二十九日夜，李自成全軍撤出北京，第二天一早，相關消息就被人報告給了多爾袞，多和-圖-書爾袞便於當日上午下令諸王、貝勒、貝子、公等率八旗兵追趕，吳三桂此時也接到了命令，同在追擊行列。

西線這邊，朱由崧冊封左良玉為武提督，命其以襄樊為基地，向北收復南陽，向西收復荊州、鄖陽的詔書，差一點被左良玉給撕了，只是迫於孫傳庭、路振飛率部西進的消息，左良玉才捏著鼻子承認朱由崧成為大明皇帝的現實，不過，左良玉承認了朱由崧的帝位，卻也始終沒有出兵北上，就此丟失了奪取襄樊的機會。

所以，為了確保尚余統治區的穩定，李自成便借清軍主力回縮至京畿周邊的時間機會，在力所能及的範圍內對反叛者進行了軍事鎮壓——順軍在榆次、太谷、定襄等地進行了三次較大規模的屠殺，造成了總計萬人的傷亡，朱由崧剛剛冊封的淑妃梁氏的母族就在順軍屠戮太谷時被殺了乾淨——此外，順軍還大量遷徙縉紳富戶，將他們從山西、河南前線，遷往了陝西西安，同時還集中兵力「分守山西諸隘」。