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對於朱由崧異論相攪、平衡朝局的手段，高弘圖、王鐸都看明白了，所以，兩人的態度相繼發生了轉變，其中高弘圖與王應熊一樣轉向中立，而王鐸則逐步背離了東林黨的小團體，向朱由崧靠攏，由此東林黨在內閣中的力量也受到了削弱。

馬士英表面中立，然後以持重的名義要求朱由崧派人仔細清查，於是朱由崧便派吏部郎中李遲、御史孫道祥、錦衣衛北鎮撫司某人及內行廠某人一起參与調查；但參与調查的4人中，有3人是秘密站在一起的，因此，經過十天的調查后，在孫道祥不同意的情況下，得出了都察院風聞有誤的結論。

萬世回復道：「奴婢不太清楚濟寧是不是知道青州之事！」

劉宗周致仕后，朱由崧便任命吳甡繼任左都御史，以原崇禎朝兵部尚書張縉彥出掌兵部——張縉彥原在北京投降了順軍，但後來潛逃回了河南老家，並糾集地方士紳反對順軍統治，和_圖_書因此適用半年內逃歸者可赦免的條款，但其能被任命為兵部尚書，主要是朱由崧設立某種樣板的考量，以及有把柄可拿捏的張縉彥必然成為事事聽命的帝黨的計算——並以原崇禎朝兵部尚書丁魁楚出任右都御史、調阮大鉞為工部尚書、原工部尚書王應熊專任大學士。

朱由崧沒有管新兵招募中產生的貓膩——朱由崧認為現在一切為明年擋住清軍進攻讓步——但東林黨人卻似乎發現了機會，於是左都御史劉宗周、右都御史吳甡領銜，就義勇招募中的亂象向他們一直看不慣的阮大鉞開炮了。

朱由崧起身在大善殿內走了幾步，對萬世說道：「朝中大臣一個個都對聯虜制寇抱有信心，但朕以為關外苦寒，清虜窺視中原良久，斷不會輕易罷手的，聯清滅順，不過是鏡花水月而已，如今青州生變，雖然是由順逆引起的，但也足以提醒清虜，我大明正統的影響和_圖_書力，所以，要做好迎接大戰的準備。」

但吳甡出任東閣大學士后，朝中東閣大學士的數量就太多了，所以，朱由崧便晉馬士英和高弘圖為武英殿大學士，王鐸為文淵閣大學士，並免去王鐸禮部尚書的兼職，由原吏部左侍郎錢謙益接任……

今年九月末，原屬大順政權的一支軍隊同主力失去了聯絡，在旗鼓趙應元和投降了大順政權的明朝官員楊王休率領下來到青州；九月二十九日晨，趙、楊兩人以入城拜會為名，乘機奪門而入；當時清廷委任的招撫山東、河南省的戶、工二部侍郎王鰲永正在城內，趙應元派步兵上城頭擺垛，自己帶著騎兵直入王鰲永的部堂轅門。

見到阮大鉞不但沒有受罰，而且還升了尚書，黃道周、姜曰廣、黃配玄等朝中東林黨大臣便一氣之下，也向朱由崧主動請辭了。

然而，在東林黨人集體發難的前一天，奉朱由崧之命，內書房https://www.hetubook.com.com掌印兼提督內行廠的錢祿秘密拜會了馬士英，向馬士英通報了東林黨人將集火阮大鉞的消息；馬士英隨即緊急與阮大鉞、劉孔昭等人會商，並連夜對參与倒賣義勇入選名額的人員進行了清理和轉移。

萬世領命而去，朱由崧看著萬世的背影，對著陰影的某人說道：「告訴錢祿，讓他加緊滲透進江北四鎮，最好能與監軍形成明暗兩重監控，務必確保各部之忠誠、敢戰……」

朱由崧聽罷冷冷的評價道：「山東仍由可為，可見史可法誤國之甚。」

於是，為了確保東林黨在內閣中有一定的話語權，朱由崧便於當年十月末，任命吳甡為東閣大學士，其左都御史的遺缺有丁魁楚繼任，右都御史則由剛剛召回南京的河南總督田仰擔任——田仰與劉孔昭的關係密切，因此他被任命為左都御史可以視作朱由崧對馬士英一派的補償，也是可以視作在都察院內進一步摻沙子，m.hetubook.com.com削弱東林黨聲音的手段。

雖然朱由崧並沒有因此怪罪風聞言事的都察院，但劉宗周自覺自愿的提出了辭呈，朱由崧挽留了兩次，劉宗周堅持辭職，朱由崧便御准了。

王鰲永以為趙應元是率部前來歸降，突然看到兵將持刀露刃蜂擁而進，倉皇躲避到上房。後來聽見人聲鼎沸，「城內震地」，又翻過院牆藏到姓房的鄉紳家中；但趙應元下令搜捕，「揚言拿獲部堂者賞金五十兩，拿獲部堂下官一員者賞銀十兩」；在賞金的刺|激下，王鰲永很快被軍士搜獲，趙應元便下令把他處斬了。

1644年十月初一的朝會上，劉宗周、吳甡等東林黨御史果然對阮大鉞發起彈劾，已經基本收拾了手尾的阮大鉞毫不示弱，公然表示絕無此事，一切純屬東林黨方面捏造，乃是東林黨黨同伐異的又一表現。

「皇爺，山東急報！」萬世向朱由崧報告道。「青州生變，清虜委任的招撫山東、河南兩省戶、工www.hetubook.com.com二部侍郎王鰲永被殺！」

萬世不敢接話，就聽朱由崧又道：「史可法沒有交青州的報告吧？」

朱由崧吩咐道：「命令李保立刻出京，北巡江北、山東防務，再於御馬監中撿練可靠之幹員，為江北四鎮並山東監軍。」

「隨後趙應元于本月初擁立扶衡王坐殿，並於『四門豎旗招兵：有馬給銀四兩八錢，騾兵給銀三兩八錢，步兵一兩八錢，外加一錢』，昌樂、壽光等縣土寇趙慎寬、秦尚行、郭把牌、翟五和尚蜂擁而至，然可惜的是，清廷派遣梅勒章京和託率兵趕至山東，迅速撲滅了趙應元軍、奪回了青州城。」

對於姜曰廣、黃道周、黃配玄的辭呈，朱由崧一方面照批不誤，另一方面又以大理巡撫左光先、應天府尹孫嘉績等東林黨黨人繼任之——之所以朱由崧會繼任讓大量東林黨人留在朝中，一方面是為了削弱東林黨對地方的控制，另一方面也是為了讓東林黨人繼續制衡馬士英、阮大鉞、劉孔昭等人的聯盟。