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奪取萬縣后，孫傳庭一面安排大隊進行整修，一面又馬不停蹄的安排小股部隊經彭溪河谷上行，收復了實際處於士紳自治狀態下的開縣、臨江（鎮）等地，消除了側面的威脅，並與霧山山脈以西的新寧、達州、東鄉等地擁明武裝取得了聯繫……

在這樣的戰術下，袁宗第在奉節以東抵抗了十七天，這才在遷移了夔州和奉節百姓后，撤出夔州府城，率部退往了雲陽一線，再次組織防線；只是孫傳庭這次咬著牙，逼迫黃蜚、馬得功等部用命，所以，袁宗第的雲陽防線沒有維持多久，就被迫再次退往了萬縣。

對於孫傳庭的進攻，袁宗第等順軍本著利用三峽地形、且戰且退的宗旨，進行逐級抵抗，籍此不斷吸收孫傳庭部的衝擊力，最終消耗孫部的戰鬥意志和戰鬥潛能。

登萊戰場陷入了不戰不和的狀態，但青州及濟南方向的反清鬥爭卻因為耿部的撤離而重新高漲起來，對此，濟爾哈朗https://www.hetubook.com.com只能選派身兼漢軍正紅旗、鑲紅旗兩旗固山額真的王世選統帥5000兵馬增援濟南和青州方向……

除了呂梁山方向有反清武裝在活躍外，沁源、安澤、平順、陵川等地山區也有大小不等的多股反清武裝的活動，這些反清武裝時隱時現、飄忽不定，讓山西清軍疲於奔命，十分的頭疼；只是平原地區的士紳已經相繼降服於清廷統治，因此山西最主要的幾處平原谷地一直牢牢掌握在清廷手中，這就使得山西反清力量始終無法組織更多更大規模的反清鬥爭，也因此，某種意義上，山西成了既京畿周邊、畿南以後，清廷掌握的第三個「模範區」……

大喜過望的孫可望一面命令東川、烏撒等地土司向大西軍提供糧秣驛夫，一面指揮大軍攻入了雲南境內；但由於川滇邊境的道路難行，所以孫可望和劉文秀最終決定兵分兩路而行；ｈetubｏoｋ.coｍ•ｃom其中孫可望率部走西線攻尋甸府、嵩明州，爾後窺視昆明；而劉文秀走東線，攻霑益州、曲靖府、越州衛、陸涼州、陸涼衛、路南州、徵江府等地，最終包抄昆明後路……

1645年（清順治二年）初，山西教民張四、李二、邢四、蔡羽、李一梅等人，以皇天清凈善友會組織名義聯絡民眾，假借持齋事佛，暗中組織反清起義，雖然該起義在當年就被清軍殘酷鎮壓了，但餘黨依舊在山西活動，並且活動範圍還從朔州一地，擴大到了晉中、上黨等地；進而導致了清廷對其等更加嚴厲的查禁和迫害。

山西清軍也試圖對呂梁反清武裝進行清剿，但卻面對連綿起伏的呂梁山，實在是剿無可剿，所以，只能選擇封鎖戰術，試圖餓死山中的反清義軍；面對清軍的餓殺戰法，孟三、張判子等率部北移至清軍統治相對薄弱的婁煩、靜樂、嵐縣等地活動，讓清軍的企圖大半落空，由httｐs://wｗｗ•ｈｅｔuｂoｏk.coｍ•cｏｍ此，呂梁山反清武裝就成了山西清軍身上的一個頑疾，極大的牽制了山西清軍的注意力。

雖說耿仲明在寧海州城裡還有8000多兵馬可用，像第一次威海衛保衛戰這樣的戰鬥，還能再打上兩次，但丟到了手中最精銳、最能打的營頭后，耿部實際上已經失去了繼續進攻的能力，沒有一段時間的整訓和以戰代練是恢復不了元氣的。

在擊破綠營兵，起義軍隨即兵鋒直指交城縣城，但由於清廷委任的交城知縣組織地方大戶進行了頑強抵抗，且太原、文水等地清軍又在聞訊后，緊急馳援，因此起義軍最終沒能打下交城，反而在各路清軍的壓迫下，退回了呂梁山區，此後長期活躍在呂梁一帶。

耿仲明都快要死了，耿部自然要鎮之以靜的——1646年四月二十日，徐得功等以耿仲明的名義向清廷上了遺表，請求清廷允許耿仲明的長子耿繼茂繼承王爵、牛錄及耿部的兵權，而在上hｔtps://m.hｅｔuｂoｏｋ.com•com述遺表獲得清廷同意前，耿部便以糧餉不足的名義，滯留在了寧海州一線，聽任勇士營在威海衛大肆修建堡寨，也聽任文登縣城、萊陽縣城及成山衛、靖海衛、大嵩衛等衛所繼續尊奉明廷號令、高舉大明旗幟——由此，登萊戰場陷入了詭異的平靜之中。

耿仲明部撤到楊庭河北岸時，尚有帥標親衛300餘人、徐得功部300餘人、宋國輔部850餘人、陳紹宗部800餘人，但最終能逃回寧海州城的僅有不足400人，因此第一次威海衛保衛戰，可以用明軍全勝、清軍慘敗來做結論。

如果僅僅是部隊元氣大傷也就罷了，假以時日總能恢復的，然而逃到寧海州的耿仲明的身體也出了問題——耿仲明在楊庭河夜戰中手臂挨了一發銃彈，不但造成了粉碎性骨折，而且因為處置不及時，所以造成了鉛彈留置體內，因此回到寧海州沒多久，就高燒不退了——由於當時並沒有絕對有效治療鉛毒的方子，故此，徐ｗww•ｈetuboｏｋ•ｃoｍ.ｃｏｍ得功、陳紹宗等耿部大將就只能眼睜睜的看著耿仲明走向死亡。

而在夔州方向，得到後方補給的孫傳庭部，則吃准了當面順軍數量有限的軟肋，故技重施，繼續以水路夾攻的方式越過巫峽、對夔州府城及附廓的奉節展開猛攻。

進入1646年後，被迫從晉中撤出的皇天清凈善友會成員孟三、艾一、侯二、侯四等人跑到了山西交城和文水一帶，與活躍在當地的土寇張判子、千金劉等匯合，遂于當年三月在交城水峪關舉行了反清武裝起義，並於三月二十日，擊敗了交城縣城派去鎮壓的500綠營。

鑒於孫可望、劉文秀兩部在川南土司區的進展緩慢，張獻忠便在1646年四月初續調了兵馬三萬增援孫、劉兩部，得到增援的孫、劉隨即根據張獻忠的指示對參与反抗的川南民眾舉起了屠刀；正是在大西軍肆無忌憚的屠殺面前，川南土司退縮了，於是，當月二十三日，東川軍民府土司仲姑、烏撒軍民府土司蒙閟代表兩地土司向孫可望部輸誠。