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面對來勢洶洶的孫可望大軍以及捲土重來的劉文秀部，自知可能不敵的路振飛只能選擇放棄曲靖府城，率部退守平夷衛，確保大西軍不會順勢殺入貴州；而歐文韜不想跟著一起逃到滇黔邊境去，所以，他便帶著部分部隊南下廣西府，準備在當地集結力量，規劃反攻……

自覺周遭已經沒有敵人的孫可望便集結大軍回師曲靖，準備與劉文秀部聯手合擊路振飛所部；然而孫可望前腳剛走，楊畏知等部明軍就反撲回來，從而在大理、楚雄、雲南等地形成了拉鋸戰的格局；之前被沐天波派往會昌的李大贄與當地彝族土司達成了和睦，然後南下姚安府，成為了楊畏知等人的後盾。

劉文秀理所當然的向孫可望申請的援兵，但攻佔了昆明城后的孫可望，一方面要應對來自武定軍民府方向的明軍反撲，一面要確保自己的後路不至於被東川府方向出擊的明川軍一部切斷，所以並無更多餘力支ｈttｐs://m•ｈeｔｕbooｋ.ｃｏｍ•ｃｏm援劉文秀部——主要還是孫可望被繁華的昆明城所迷惑，不願意將這座雲南首府再拱手還給明軍——最終只派出了2000兵馬東進曲靖，實在是有些杯水車薪；於是劉文秀和孫可望不得不共同向成都城內的張獻忠求援。

唐廉和歐文韜自殺殉國后，雲南府同知黃文知也在殺死妻妾后，投井自殺；剩下雲南府推官耿化龍打開城門，將孫可望恭恭敬敬的迎了進來——由此，黔國公府來不及運走的二百多年的積蓄，全部落在了孫可望的手中，成為孫可望擴軍備戰的底氣。

得到劉文秀分撥的兵力及在昆明城內大肆招兵買馬後，實力膨脹到八萬人的孫可望得知瞿式耜居然敢率兵反攻，便親率主力迎戰；瞿式耜一介文人，根本不會打仗，結果一戰喪師，自己也為孫可望所俘虜；但瞿式耜寧死不降，因此慘遭孫可望的殺害。

楊和-圖-書畏知手上有五千來源很複雜的守軍，其中有衛所兵、有營兵，但更多是應招而來的雲南各地土司兵馬，拿著這些戰鬥力參差不齊的部隊，楊畏知硬頂了孫可望十五天，直到與府城呈掎角之勢的尋甸衛、鳳棲千戶所相繼失陷后，楊畏知這才帶著部分兵馬突出了重圍，逃往了武定軍民府重整。

幸運的是，昆明城的失守並沒有影響到明軍在曲靖方向的抵抗，這不，在雲南提學使歐文韜帥領7000明軍在曲靖府城頑強死守，拖住了率領東路大西軍的劉文秀的腳步，保證了徵江府、廣西府、廣南府、臨安府、元江府等更廣大地區的安全。

既然只是承擔掩護側翼和糧道的任務，劉文秀手中就不需要留下4萬多兵馬了，所以，劉文秀向孫可望移交了12000人，並分兵2000守衛尋甸州城和尋甸衛城，自身只保留了2萬多兵馬；在入滇大西軍進行兵力調整的時候，兵力不足的路hｅtuｂoｏk•ｃｏｍ.ｃoｍ振飛卻不敢輕易反攻，因此，在曲靖方向，雙方進入了對峙僵持狀態。

1646年八月三十日，孫可望率4萬大西軍抵達了尋甸城下，隨即向城內派出了勸降使者，但領兵守衛尋甸城的雲南按察使楊畏知斷然否決了孫可望的勸降提議，於是，孫可望便下令強攻尋甸城。

當然，歐文韜能以7000同樣蕪雜的兵馬守住曲靖，固然是曲靖城防堅固、易守難攻的緣故，也因為從遵義趕來的總督路振飛率部從安南衛西進，抵達了平夷衛，對劉文秀部形成了側翼威脅的緣故，所以，抽走一多半兵力去迎戰路部的劉文秀才無法強攻下眾志成城的曲靖府城。

然而昆明也好、曲靖也罷，距離成都的距離都超過了800公里，而且這還不是一馬平川的800公里，而是群山隔斷、望山跑死馬的800公里，因此張獻忠是沒辦法第一時間給出回應的——其實還不想放棄成都平原的張獻忠也未ｈttｐs://ｗｗｗ•heｔｕｂoｏk.ｃｏｍ•ｃoｍ必會派兵增援孫、劉兩部——所以，劉文秀經過深思熟慮之後，決定把所部撤至霑益州休整，並就地為孫可望部掩護側翼和糧道。

沐天波逃跑后，雲南巡撫嚴起恆也以到徵江府組織援軍的名義，跟著棄城而逃；雲南布政使唐廉和雲南府知府李華倒是不肯離城逃命，但他們卻無法組織起必要的守城部隊，因此當孫可望軍殺到后，兩人相繼飲葯自殺了。

吾必奎的叛亂雖然被平定了，但也刺|激了不少的野心家，譬如蒙自土司沙定洲、寧州土司祿永命等也陸續不聽沐天波及嚴起恆的命令，做起了割據一方的迷夢。

路振飛向南京請旨肯定沒有那麼快有回復的，但在接到路振飛的命令后，大理巡撫瞿式耜卻異常迅速的帶著2萬漢蠻官兵對已經落入孫可望部手中的楚雄府展開了反攻。

奪取了尋甸府城后，孫可望繼續南下，然後兵不血刃的奪取了嵩明州，嵩明州失陷后，昆明城已經毫無遮擋的暴露ｈｅtuｂoｏｋ.coｍ.ｃoｍ在了大西軍的兵鋒之下，因此第十三代黔國公沐天波便奉著母親陳氏和妻子焦氏逃往了大理。

殲滅了瞿式耜率領的明軍后，孫可望開始勢不可擋的橫掃周邊州府，相繼奪取了大理、武定、鶴慶、蒙化、徵江等府；在孫可望勢不可擋的兵鋒面前，沐天波一家逃到了永昌府苟延殘喘，嚴起恆則逃到了臨安府、唐廉則逃到了威遠州。

不過，路振飛也不是停在曲靖-平夷衛一線什麼都沒做，他首先以總督雲貴川軍務的名義，下令從安順、普定、廣西、廣南等地徵調漢蠻兵馬；接著，他又向南京請旨，希望能從柳江方面獲得兵力和物資的援助；最後他又勒令大理巡撫瞿式耜、雲南巡撫嚴起恆立刻率兵反攻昆明。

昆明城的丟失，動搖了明廷對雲南的統治，因此武定土司吾必奎率先發動了叛亂，但此時恰好楊畏知殘部正在武定境內，因此吾必奎剛一豎旗反明，就被楊畏知以迅雷不及掩耳之勢會同吾必奎的吾心奎給聯手剿滅了。