清晨醒來，她總會收到一束蒼空凜送給她的梔子花。然後，蒼空凜牽著她的手，帶著她在山林里到處遊盪。到了晚上，他們回到小溪邊，在漫天星斗下，聽著潺潺的溪水聲，數著在草地上飛舞的螢火蟲慢慢地進入夢鄉……

那是春果在兒時的一次奇妙的經歷，六歲那年她在茂山迷路，邂逅了住在山頂的神奇少年蒼空凜，他們度過了一段愉快的時光，兩人在樟樹「小諾」下許下約定，每年夏天都要在茂山重見。然而自此，蒼空凜就像一個夢一般消失了，再也沒有出現過……

十年之後，茂山變成了市裡的開發區。只剩下山頂一小塊當年被蒼空凜取名「螢火森林」的樹林。而此時蒼空凜回到了春果的生活中，轉學到了春果所在的螢火中學，共同為保護「螢火森林」並肩戰鬥。

在兩人相處的過程中，春果遇見了有些怪異的生物社黑崎亮學長，也漸漸地感覺到蒼空凜給自己的感覺越來越奇怪。而學校里也接連地出現了生物社動物暴亂、「後進生佔據前一百名」、鼴鼠破壞學校操場等怪事。「螢火森林」遇到了空前的毀滅危機，這個夏天註定不會平靜！「螢火森林」和春果、蒼空凜的未來將會如何？請拭目以待……