明太祖朱元璋當年起事時，與其並肩作戰的江湖絕頂高手——俠骨柔腸，劍膽琴心，「玉龍美豪客」嚴慕飛，多年來為義軍與武林間奔走調協，最受各方愛戴，功勞最大。

天下底定，嚴慕飛卻不慕榮華，毅然將黃袍加在了朱元璋身上，朱元璋因此敕封嚴慕飛為「金陵王」九千歲。兩人同時傾慕「冰心玉女」衛涵英，為了讓愛，嚴慕飛竟飄然遠去，隱於農村務農為生。衛涵英卻只垂青於嚴慕飛，不為后妃名銜所動，多年等待嚴慕飛，冀其回心轉意。

洪武年間，明太祖傾盡天下耳目找嚴慕飛回宮。因為明太祖準備於百年之後，有意傳位與允炆。允炆只有十七歲，明太祖二十四個兒子之中，無一是接位之才，所以才託付嚴慕飛輔政。並立下遺詔說如果朱家後世有不肖子孫，嚴慕飛大可取而代之。

洪武駕崩後，不久即發生「靖難之變」，燕王篡位奪國，是為明成祖，建文帝允炆被迫逃亡。明成祖朱棣為斬草除根，千方百計找尋侄兒下落，近處派錦衣衛到處搜索，遠處則派鄭和下西洋。可是不得要領。「三朝元老」解縉向明成祖推薦嚴慕飛，要利用他在武林中各方的關係去找尋允炆，錦衣衛跟在他的後頭，一旦嚴慕飛找到了建文帝，錦衣衛也就找到了建文帝。更高明的是明成祖讓他的女兒冒充宛平縣令之女，想用美人計來拉攏他。

反對明成祖篡位的朝廷舊臣，如吳伯宗身懷太祖遺詔，亦要找尋嚴慕飛，因為遺詔中要嚴慕飛取燕王而代之。吳伯宗遊說嚴慕飛結合武林各勢力聲討明成祖，自立為王；或找回建文帝，予以輔佐。

嚴慕飛決定接受明成祖的任命，追尋建文帝的下落。可是他是明修棧道，暗度陳倉；實質是利用朝廷錦衣衛的線報找到建文帝，如果允炆仍然願意復位，嚴慕飛願意輔政。他也有另外的目的——就是抓出當年慫恿明太祖炮打「功臣樓」，火焚「凌煙閣」的幕後黑手。當年即使首席謀臣劉伯溫多方勸止明太祖，但依舊徒勞無功，導致誅殺功臣的慘劇。

在明太祖炮打「功臣樓」，火焚「凌煙閣」的第二天，那些謀士卻一個個全都辭署退隱了。如今更有事實證明，在民間，有許多秘密人物在替朝廷工作，懲所謂叛，除所謂奸，殺生與奪，權力之大，幾乎凌駕於錦衣衛之上，尤其他們不受任何人節制，直接聽命於明成祖。

為了追索冤案的幕後陰謀黑手，為了昭雪當年枉死功臣的仇恨，嚴慕飛決意重出江湖……